基因组学技术服务/Genomics
基因组学实验室作为我们公司早期成立的实验室,承担着诸多课题的上游实验技术服务,多年来仅real-time pcr及RT-PCR实验涉及的引物设计与合成多达5000余对。基因组学实验室业务涵盖核酸提取,普通PCR检测,载体构建、RT-PCR、荧光定量PCR、DNA甲基化分析、质粒提取及纯化、SNP分型、siRNA/shRNA沉默、microRNA检测、荧光素酶检测、ChIP、基因芯片、慢病毒包装等。
基因组学相关分析
1) 序列拼接,BAC及中小基因组组装;
2) 序列比对,同源性搜索;
3) 多序列全局比对,同源进化树构建;
4) EST的基因组定位,可变剪切形式确定;
5) Promoters预测与查找,CpG岛,调控元件等;
6) 重复序列注释:SSR,STR,LINE,SINE,Transposons等;
7) 基因预测及基因结构分析:真核,原核,mRNA/cDNA编码区预测;
8) Non-Coding RNA的预测与注释:
tRNA预测及二级结构分析、rRNA预测
MiRNA预测及结合靶点预测
soRNA预测及甲基化位点预测
9) 分子进化相关分析:分歧年代、进化树、进化压力(Ka,Ks);
10) EST序列/一般序列分析
序列基本分析:去除载体,污染,聚类,拼接
表达谱分析:特异表达基因,共调控基因
Unigene的功能注释及分类
基于EST的SNP分析
11) 基因的功能注释及分类
NCBI非冗余核酸库(NT)
NCBI非冗余蛋白库(NR)
SwissProt蛋白数据库
Kegg Pathway数据库
COG/KOG蛋白家族数据库
Interpro&GO蛋白功能位点
结构域(domain)数据库